(no subject)
May. 31st, 2020 06:47 pm![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
kuzimamaВремя сейчас интересное, ибо с начала пандемии прошло уже достаточно времени, чтобы закончить нормальные научные исследования по новому вирусу. Быстро только кошки родятся, и унылый вакуум первых месяцев заполнился массой каких-то неноделанных огрызков, ну и массой диких спекуляций. Борьба с этими спекуляциями - не для слабонервных, а я отношу себя именно к этой категории. Сейчас стало намного легче, пошли нормальные научные статьи, есть чего почитать с удовольствием. Ну и статистики побольше появилось, вернее пациентов много, значит статистика стала понадежней.
Для начала хорошая новость: недавнее исследование из Франции, где авторы смотрели на уровень заражения САРС-КоВ-2 среди докторов. В середине эпидемии было четко понятно, что у докторов риск сильно повышен, причем не только риск заражения, но и риск тяжелого заболевания. Вроде как это связывали с получаемой ими дозой, если вируса попадает много, то врожденный анти-вирусный иммунитет (к которому относятся, например, интерферон и цитокины) не справляется, а для выработки приобретенного иммунитета (антитела, Т-клетки) требуется время, поэтому какое-то время вирус бурно размножается и сильно поражает легкие. Так вот, во Франции карантинные меры ослабили, ждут второй волны инфекций, а ее пока нет (тьфу-тьфу), и нет среди докторов тоже. А ведь больные по-прежнему есть, довольно много, их лечат, доктора находятся все в той же зоне высокого риска. Можно конечно сказать, что научились пользоваться средствами защиты как следует. Но вот мой недавний опыт похода к зубному для чистки корней зубов. Девочка-медсестра была защищена по полной: маска, очки с приделанным бинокуляром (чтобы что-то видеть), пластиковый щиток поверх, две пары перчаток, одноразовый халат и пижама. В этом боевом прикиде она и лазила мне в рот. И с превеликим удовольствием потом содрала с лица ползащиты, когда ей надо было со мной поговорить. Осталась в маске и очочках, ну и я сразу натянула маску на всякий пожарный. И поняла, что мало кто может долго находиться в полной защите, а любое послабление - это слабое звено.
Поэтому возвращаясь к Франции: предполагают, что отсутствие второй волны среди докторов связано с тем, что все восприимчивые уже отболели свое, остались в основном невосприимчивые. А значит для выработки стадного (коллективного) иммунитета нужно, чтобы переболели не 60-70%, как по начальному прогнозу, а всего 10-20%. От чего зависит невосприимчивость? Ну как все на свете: от генетики, куда уж без генов-то? Фактор, над которым мы пока не властны. Однако есть и гораздо более греющая теория: перекрестный иммунитет к САРС-КоВ-2, обнаруженый у 40 до 60% пациентов, которые никогда не были этим вирусом инфицированы. Такой иммунитет может в принципе вызываться обычными коронавирусами, которые давно бродят в человеческом сообществе, вызывая ОРВИ и простуды. Теоретически он может возникать и от несвязаных вещей - например пресловутой вакцины БЦЖ. Причем перекрестный иммунитет обнаруживается и на уровне Т клеток, и на уровне антител. В Нидерландах проверили донорскую кровь из банков, собранную в предыдущие и в нынешний год, и нашли антитела, реагирующие с новым вирусом в 7% образцов до эпидемии и в 10% образцов во время эпидемии. И данные такие идут со всей Европы.
Меня, конечно, эти соображения очень греют: когда старшая внучка Лана только пошла в садик в 2015-16, мы переболели всеми инфекциями, которые только были в Сиэтле, каждые 2-3 недели было что-то новенькое, иногда совсем нелегкое. Ибо ребята много работали, надо было им помогать, а у меня был свободный график на работе. Теперь же Лана обладает могучим иммунитетом, который легко гасит всех возбудителей, болеет не больше раза в год, обычно очень легко, чаще всего - бессимптомный носитель, вот давеча заразила младшую Каську каким-то вирусом, но вроде не тем самым. А Лане хоть бы хны (тьфу-тьфу). Мама нашего зятя - школьная учительница начальных классов, болеет крайне редко, хотя диабетик. Там что перекрестный иммунитет это было бы хорошо.
А вот только ли перекрестный иммунитет мы нынче выявляем? И как давно нынешний САРС-2 перепрыгнул в людей? И как давно распространяется? Сразу добавлю: сторонники конспиративных теорий о злых ученых - идите лесом, обсуждать не буду, времени жалко.
Явления прыжков из животных в человека сейчас выявляют путем сравнения геномов. САРС бетакоронавирусы имеют здоровенные геномы по 30 тысяч нулеотидов, это близко к верхней границе, обычно геномы вирусов сильно меньше, особенно РНКовые, например, 9.2 тысячи нуклеотидов у ВИЧ. Дело в том, что у РНКовых вирусов высок уровень мутаций при репликации, что-то вроде 1 мутации на 10 000, значит, 3 ошибки на одно удвоение генома САРС. Однако соответствующий фермент САРСа умеет ошибки исправлять, поэтому ошибок накапливается крайне мало, и геномы весьма стабильны. Это стало понятно еще в январе, когда опубликовали первые дюжины геномов. Проблема в том, что распространение вирусов традиционно отслеживают по различиям в геномах: если совпадают, то из одного источника, а чем больше мутаций накопилось, тем больше поколений вируса прошло через разных людей, тем дальше в прошлом общий источник. И это все очень хорошо и красиво, если мутаций много. А если 1-2-3, то принцип не работает или выдает случайные результаты.
Давеча вышла очень интересная статья (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.05.21.109322v1), где первый автор известный вирусолог Майкл Уоробей (Воробей, у него дедушка с бабушкой якобы уехали в Америку из Минска). Я слышала его лекции про ВИЧ, и мне ужасно понравилось. А тут совершенно отличое исследование, сделанное с использованием 25 181 отсеквенированных геномов САРС-2, для прослеживания путей вируса вокруг света.
Самое для меня интересное - это пример политического решения, принятого на основе неверных предпосылок, которое спасло Сиэтл от участи Нью-Йорка. В январе (15-го) в штате Вашингтон появился первый пациент, прямиком из Китая, из Ухани. Мужик был законопослушный, сдался властям сразу, все контакты отследили, все хорошо. И тут бац, 29-го февраля обнаружился некий подросток, у которого нашли вирус с практически тем же самым геномом. Причем никаких пересечений с первым пациентом не было, никаких поездок в Китай, никаких групп риска. Власти сделали вывод о том, что в штате Вашингтон уже 6 недель происходит скрытая эпидемия, раз вирус столь похож, значит из одного источника. И тут же было принято решение о карантине и закрытии. А на самом деле скорее всего никакой эпидемии еще не было. А было два независимых события - завоза вируса, причем так как геном почти не меняется, то несколько независимых завозов будут выглядеть, как непрерывная эпидемия. Но зато раннее закрытие всерьез замедлило распространение вируса. Правда здорово убило экономику...
Похожая ситуация случилась в Европе - Германия очень успешно поймала и погасила первую вспышку на заводе в Баварии. Однако вскорости САРС-2 попал в Ломбардию. Геном отличался от немецкого на один нуклеотид: и тут же Германию обвинили, что на самом деле вспышку не ликвидировали, а заразили Италию. Хотя скорее все тот же неизменный вирус завезли из Китая. Или не из Китая, на данном этапе не скажешь. Проблема в том, что очень мало данных по изначальным геномам САРС-2 из Китая. И не по злой воле китайцев, а потому, что геномы никто не читал, не до того было. А раз начальная изменчивость неизвестна, трудно делать выводы об источниках. А вот если подключить собранные данные про путешествия пациентов, то получается два пути вируса в Штаты: из Китая напрямую в Сиэтл, и из Китая через Ломбардию в Нью-Йорк. Кстати, статья Уоробья развенчивает идею о том, что некая мутация сделала САРС-2 более инфекционным в людях. Он пишет, что просто этот вариант попал в максимальное число самолетов, и тем разошелся по свету.
А последнее интересное сообщение, к сожалению, я потеряла ссылку, это данные по сравнительной скорости накопления мутаций у первого САРС 2002-2003 года и нынешнего САРС-КоВ-2. Первый САРС прыгнул в людей напрямую из летучих мышей, и анализ геномов показал, что по началу вирус быстро и сильно изменялся для подстройки под нового хозяина. А потом, когда подстроился, дальнейшие изменения накапливались уже гораздо медленнее. Такой период подстройки отсутствовал у САРС-КоВ-2, вирус похоже сразу был "очеловеченный". Из чего следует, что он уже скорее всего жил в человеках, вот только скрытно. Технически, может следовать и то, что какие-то злыдни долго и скучно культивировали вирус в человеческих клетках в лаборатории. Ибо как "очеловечить" вирус мы толком не знаем, мы можем только тупо заразить клетки в культуре и долго (годами) ждать, что получится. Но при таком подходе скорее всего вирус научится хорошо размножаться в культивируемых клетках, но вряд ли сможет справиться с целым человеческим организмом и его иммунитетом. Так что гораздо более вероятно, что САРС-КоВ-2 тихо гулял по человеческим популяциям неподалеку от пещер с летучими мышами. До поры до времени не распространяясь за пределами, ибо у местных жителей наверняка возникал хороший иммунитет. А тут понаехали туристы-медики-ученые и пустили козла в огород...
![[identity profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/openid.png){kind=small}
no subject
Date: 2020-06-01 12:16 am (UTC)а текст интересный, спасибо
no subject
Date: 2020-06-01 12:24 am (UTC)а автор - приличный биохимик из сиэтла, я ее с интересом (и, порой, непониманием, в силу необразованности в био) почитываю
no subject
Date: 2020-06-01 12:38 am (UTC)no subject
Date: 2020-06-01 12:45 am (UTC)Сиеттл как раз с экономикой попал меньше других, т.к. там экономику-образующая рабочую силу разогнали работать из дома за 2 недели до офицального карантина. И они продолжают работать все это время, причём работают даже больше, чем в нормальные времена - бары/развлечения закрыты, компаниями не соберёшься, парки открыли только неделю назад, чем заниматься-то?
no subject
Date: 2020-06-01 01:21 am (UTC)no subject
Date: 2020-06-01 01:34 am (UTC)